Die Qualität von Arzneimitteln und pharmazeutischen Wirkstoffen muss entsprechend dem Arzneimittelgesetz geprüft und nachgewiesen werden. Unter der Qualität versteht das Arzneimittelgesetz die Beschaffenheit, »die nach Identität, Gehalt, Reinheit, sonstigen chemischen, physikalischen, biologischen Eigenschaften oder durch das Herstellungsverfahren bestimmt wird«. Die Arbeitsgruppe Qualitätskontrolle prüft Ausgangsstoffe, Zwischen- und Endprodukte nach vorher erstellten schriftlichen Anweisungen und Verfahrensbeschreibungen, so genannten Prüfanweisungen, um die festgelegte, beschriebene Qualität und die spezifikationsgerechte Freigabe der Wirkstoffe zu gewährleisten.

Das Qualitätskontroll-Team unterstützt die übrigen Arbeitsgruppen des Bereichs Pharmazeutische Biotechnologie bei der Entwicklung und Durchführung von In-Prozesskontrollen. Arzneibuch-, andere literaturbasierte oder neu entwickelte analytische Methoden werden nach ihrer Etablierung entsprechend der ICH-Richtlinie Q2(R) validiert. Neue biopharmazeutische bzw. biotechnologische Wirkstoffe werden gemäß GMP auf Gehalt, Reinheit, Identität und Aktivität geprüft und entsprechend dem Arzneimittelgesetz für die Herstellung klinischer Prüfpräparate und deren anschließende Verwendung in klinischen Studien freigegeben.

Weiterhin führt die Arbeitsgruppe das Umgebungs- und Wasser-Monitoring für die Reinräume bzw. die Wasseranlagen (für Aqua Purificata und für Wasser für Injektionszwecke) durch.