Multiomics und Einzelzellanalyse

Der erste Schritt zur molekularen Charakterisierung von Einzelzellgenomen ist die Genomamplifikation mittels Ampli1 Whole Genome Amplification (WGA).

Die Miniaturisierung und Automatisierung der Methode ermöglichen eine Hochdurchsatzanalyse zu reduzierten Kosten. Unsere etablierte dreistufige Qualitätskontrolle erlaubt zudem die zuverlässige Identifizierung von Proben mit ausreichender Qualität für nachgeschaltete NGS-Analysen.

Am Fraunhofer ITEM verfügen wir über einen PromethION- und einen MinION Oxford Nanopore-Sequenzierer. Im Gegensatz zur Illumina-Sequenzierung erzeugt die ONT-Sequenzierung sehr lange Reads, die nur durch die Länge des Eingangsmaterials begrenzt sind. Daher haben wir Methoden für die Isolierung von DNA mit hohem Molekulargewicht etabliert.

Anwendung:

• Untersuchung schwieriger Genomregionen, insbesondere komplexe Strukturvarianten und komplexe Aberrationen
• Nachweis des Methylierungsstatus der sequenzierten DNA ohne weitere Modifikation der Bibliothekspräparation 
• Direkte RNA-Sequenzierung für differenzielle Transkriptionsanalysen, Isoformnachweis und Epitranskriptomik 

Am Fraunhofer ITEM haben wir eine Methode entwickelt, die die Sequenzierung von kleinen, nicht-kodierenden RNAs, insbesondere microRNAs (miRNAs), aus einzelnen Zellen ermöglicht. Unsere miRNA-Seq-Methode liefert sensitive und reproduzierbare Ergebnisse mit Zelllinien diverser Ursprungsgewebe, zirkulierenden Tumorzellen aus dem Blut von Krebspatienten und sogar Einzelzellen aus kryokonserviertem Gewebe, welches nach dem Auftauen zu einer Einzelzellsuspension dissoziiert wurde. Als interne Qualitätskontrolle sind Spike-ins verfügbar. Die miRNA-Seq-Methode ist automatisiert sowie miniaturisiert und kann sowohl im 96- als auch im 384-Well-Format durchgeführt werden.