Unter der Institutsleitung ist das Fraunhofer ITEM in fünf Bereiche und fünf Stabsstellen strukturiert. Eine Kompetenz, die in alle Geschäftsbereiche einfließt, die Bioinformatik, bringt die gleichnamige Projektgruppe ein. Hauptsitz des Fraunhofer ITEM ist Hannover. Der Bereich »Pharmazeutische Biotechnologie« ist in Braunschweig auf dem Science Campus Braunschweig-Süd ansässig und der Bereich »Personalisierte Tumortherapie« hat seinen Sitz im BioPark Regensburg.