Einzelzellanalytik

Entschlüsselung von Einzelzellen

Wir beraten unsere Kunden bei der Ermittlung der geeignetsten Lösungen für wissenschaftliche und diagnostische Anwendungen und bioinformatische Analysen. Die optimale Einbindung von Hochdurchsatzverfahren und bioinformatischen Auswertungen garantiert maximalen Wissenstransfer auf allen Projektebenen.

Bioinformatische Auswertung von Datensätzen von Einzelzellen

Auswahl der bioinformatischen Auswertungsebene (Anwendungen auf DNA-Basis (Rohdaten, alignierte Reads, Identifizierung von Mutationen, Annotation), Anwendungen auf RNA-Basis (Rohdaten, alignierte Reads, Expressionswerte, Genontologie, Vorhersage von Isoformen)), detaillierter Bericht zur bioinformatischen Auswertung

Strategien zur optimierten Probenaufbereitung für Einzelzellen und Subpopulationen

Methoden zur Amplifikation des gesamten Genoms (WGA) und des gesamten Transkriptoms (WTA) einer Einzelzelle (Ampli1TM-WGA und -WTA, entwickelt vom Fraunhofer ITEM in Regensburg und der Universität Regensburg), hochwertige, mehrstufige Qualitätskontroll-Assays für WGA- und WTA-Proben zur Identifizierung qualitativ hochwertiger Proben, die sich für Hochdurchsatz-Analysen eignen (entwickelt vom Fraunhofer ITEM in Regensburg)

Hochdurchsatz-Molekularanalyse von Einzelzellen und Subpopulationen

Entwicklung und Anwendung spezifischer molekularer Assays für die Einzelzellanalyse (Panel-Sequenzierung), weiterentwickelte Protokolle zur Sequenzierung des gesamten Exoms einer Einzelzelle, Sequenzierung des gesamten Genoms einer Einzelzelle, Isolierung reiner Tumorzellen aus in Formalin fixierten und in Paraffin eingebetteten (FFPE-) Proben und Sequenzierung des gesamten Exoms, Einzelzell-RNA-Sequenzierung

Wir unterstützen Ihre Forschung an Kleinstproben

Unser Ziel ist es, unsere Kunden bei der Entwicklung maßgeschneiderter Verfahren zur Analyse einzelner oder seltener Zellen zu unterstützen.

Wir bieten unseren Kunden Expertise in »Next-Generation-Sequencing«- (NGS) und Microarray-Verfahren, insbesondere auf der Ebene von Einzelzell-DNA und -RNA. Die von uns entwickelten Verfahren sind optimiert für die Untersuchung von klinischen Kleinst- oder Einzelzellproben wie aus Körperflüssigkeiten isolierten Krebszellen, Feinnadelaspirationsbiopsien und Gewebeproben. Dennoch sind alle Protokolle vollständig an die speziellen Anforderungen der jeweiligen Anwendung und Probe anpassbar. Unsere Verfahren beinhalten integrierte Qualitätskontroll-Assays, um eine optimale Probenauswahl, technische Umsetzung und bioinformatische Auswertung zu gewährleisten. Die fortlaufenden Aktualisierungen des Projektfortschritts beinhalten auch Daten zur Qualitätskontrolle der Proben, wesentliche Laborparameter und zugehörige Erläuterungen. Nach Abschluss des Projekts erhalten Sie einen detaillierten Projektbericht mit bioinformatischer Auswertung.

ITEM-R is DIN ISO 9001:2015 certified
© ITEM-R is DIN ISO 9001:2015 certified

Ihre Vorteile

  • Umfassende Beratung und Unterstützung bei der hochdimensionalen Molekularanalyse Ihrer speziellen Zellen
  • Zugriff auf ein umfassendes Methodenspektrum, maßgeschneiderte Abläufe und validierte Testsysteme
  • Lösungen und Beratung zur Interpretation bioinformatischer Daten
  • Als außeruniversitäre Forschungseinrichtung sind wir Ihr Partner bei Förderanträgen zu öffentlich finanzierten Projekten

 

Anreicherung, Isolierung und molekulare Analyse seltener Zellen

Molekularanalyse von Einzelzellen und Subpopulationen

Methoden zur Amplifikation des gesamten Genoms und des gesamten Transkriptoms einer Einzelzelle (Ampli1TM-WGA und -WTA, Entwicklung des Fraunhofer ITEM in Regensburg und der Universität Regensburg für Silicon Biosystems), hochwertige Qualitätskontroll-Assays für WGA- und WTA-Proben zur Identifizierung hochqualitativer Proben, die sich für die geplanten nachgeschaltete Analysen eignen (Entwicklung des Fraunhofer ITEM in Regensburg für Silicon Biosystems), Entwicklung und Anwendung spezifischer molekularer Assays für die Einzelzellanalyse, Hochdurchsatzverfahren für die Analyse von Nukleinsäuren (Mikroarray-Analyse, RNA-Sequenzierung, Sequenzierung des gesamten Exoms und des gesamten Genoms von Einzelzellen)

Anreicherung seltener Zellpopulationen

Marker-abhängige Anreicherung (u. a. mit der von der FDA zugelassenen CellSearch®-Technologie für den Nachweis zirkulierender Tumorzellen), Marker-unabhängige Anreicherung (mikrofluidische und auf Filtration basierende Verfahren), fluoreszenz-aktivierte Zellsortierung, Laser-Mikrodissektion, Verwendung etablierter Färbeprotokolle oder Umsetzung von maßgeschneiderten Verfahren für die gewünschte Zelle

Isolierung von Einzelzellen

Mikromanipulation von Einzelzellen, dielektrophoretische Trennung von Einzelzellen (DEPArrayTM-Verfahren)

Akkreditiertes Labor für Einzelzelldiagnostik

In Zusammenarbeit mit der Universität Regensburg: Zugriff auf eine Probenbiobank mit einzelnen CTCs/DCCs von Patienten mit unterschiedlichen Krebsarten zur Biomarkerforschung und zur Targetvalidierung, Korrelationsmöglichkeit mit weiterem klinischen Verlauf bei zahlreichen Proben, perfektes Umfeld für translationale Forschung in klinischen Studien

Wir liefern Ihnen die gesuchte Zelle

Unser Ziel ist es, innovative Therapieansätze voranzutreiben – dafür entschlüsseln wir die zugrundeliegenden Mechanismen komplexer Krankheitsgeschehen auf der Ebene der einzelnen Zelle.

Wir bieten unseren Kunden Expertise für die Analyse seltener Zellpopulationen aus Körperflüssigkeiten, Gewebebiopsien und in Paraffin eingebettetem Probenmaterial. Der Schwerpunkt liegt dabei auf soliden Tumoren, zum Beispiel der Analyse zirkulierender Tumorzellen (kurz CTCs für engl. »circulating tumor cells«) und gestreuter Krebszellen (kurz DCCs für engl. »disseminated cancer cells«), doch lassen sich unsere Verfahren auch für verschiedene Interessensgebiete, wie etwa die Stammzelltherapie bei neurodegenerativen Erkrankungen oder die regenerative Medizin, anpassen. Unser Know-how reicht von der Entwicklung und Umsetzung maßgeschneiderter Anreichungs- und Färbestrategien bis zur Isolierung reiner Zellpopulationen und sogar einer einzelnen Zielzelle.

 

Ihre Vorteile

  • Umfassende Beratung und Unterstützung zur Gewinnung der gewünschten Zellen
  • Zugriff auf umfassendes Methodenspektrum, maßgeschneiderte Methoden und validierte Testsysteme
  • Verfahren für und Beratung zu nachgeschalteten molekularen Analysen
  • Assay- und Targetvalidierung für vorhandene Einzelzellproben aus unterschiedlichen Patientenkohorten
  • Als außeruniversitäre Forschungseinrichtung sind wir Ihr Partner bei Förderanträgen zu öffentlich finanzierten Projekten

Ihre Ansprechpartner

Christoph Andreas Klein

Contact Press / Media

Prof. Dr. Christoph Andreas Klein

Bereichsleiter Personalisierte Tumortherapie

Telefon +49 941 298480-55

Stefan Kirsch

Contact Press / Media

Dr. Stefan Kirsch

Arbeitsgruppenleiter Innovative molekulare Technologie und Biomarkeridentifizierung

Telefon +49 941 298480-26

Bernhard Michael Polzer

Contact Press / Media

Dr. Bernhard Michael Polzer

Arbeitsgruppenleiter Zelluläre und molekulare Diagnostik

Telefon +49 941 298480-23