Bioinformatische Dienstleistungen und Beratung

Spezielle Fragestellungen erfordern maßgeschneiderte Lösungen

© Fraunhofer ITEM, Ralf Mohr

Wir erarbeiten bioinformatische Lösungen, die auf die speziellen Anforderungen unserer Kunden zugeschnitten sind. Das Spektrum solcher Lösungen reicht von kleinen, schnellen und intelligenten Datenanalysen mithilfe unserer etablierten Verfahren bis hin zu Vorschlägen für komplette Versuchsanordnungen einschließlich der Entwicklung neuer Analysewerkzeuge und personalisierter Lösungen.

Für die Bearbeitung komplexer biologischer Fragestellungen sind Standardverfahren meist nicht geeignet. Unser Ziel ist es daher, maßgeschneiderte bioinformatische Lösungen anzubieten, die eine umfassende und dennoch spezifische Antwort auf Ihre Frage liefern.

Wir bieten unseren Kunden Expertise in der bioinformatischen Analyse von Hochdurchsatzdaten aus Next-Generation-Sequencing- oder Microarray-Experimenten. Der Schwerpunkt der Bioinformatik-Gruppe am Fraunhofer ITEM in Regensburg liegt auf der Analyse von »omics«-Daten menschlicher Einzelzellen, doch werten wir problemlos auch andere Arten von Versuchen aus. Unser Know-how reicht von der einfachen Genexpression über komplexe Genomrekonstruktionsanalysen bis zur Entwicklung neuer Algorithmen und Programme.

 

 

Unser Angebot

Datenanalyse:
Umfassende und zuverlässige Kontrolle der Rohdatenqualität; Sequenzierung des gesamten Genoms/Exoms (WGS/WXS): Aufspüren von Sequenz-Polymorphismen (SNP, InDel, CNV), vergleichende Genomik, Untersuchung auf größere strukturelle Veränderungen (nur für WGS), De-novo-Rekonstruktion des Genoms (nur für WGS); RNA-Sequenzierung (RNA-Seq): Differentielle Expression (Gen und/oder Isoform), alternatives Splicing, Vorhersage von Isoformen und neuen Transkripten, Aufspüren von Sequenz-Polymorphismen (SNP), De-novo-Rekonstruktion des Transkriptoms, Aufspüren von Genfusionen; Microarrays: Differentielle Genexpression oder SNP-Array Analysen

Datenauswertung:
Funktionelle Genomik: Klassifizierung der Genexpression (z. B. Heatmaps, Clusteranalyse), Klassifizierung/Annotation von Sequenz-Polymorphismen; Systembiologie: Stoffwechselwege, Gene-Set-Enrichment-Analyse (GSEA), Identifizierung potenzieller therapeutischer Targets oder Biomarker; Data Mining: Suche nach und Vergleich mit bereits vorhandenen, relevanten veröffentlichten und unveröffentlichten Datensätzen

Beratung:
Unterstützung bei der Planung von »omics«-Sequenzierungsstudien, Entwicklung maßgeschneiderter Sequenzierungs-Panels oder Microarray-Chips, Unterstützung bei Publikationen und/oder Förderanträgen

 

Ihre Ansprechpartner

Christoph Andreas Klein

Contact Press / Media

Prof. Dr. Christoph Andreas Klein

Bereichsleiter Personalisierte Tumortherapie

Telefon +49 941 298480-21

Jens  Warfsmann

Contact Press / Media

Dr. Jens Warfsmann

Arbeitsgruppenleiter Bioinformatik und Datenmanagement

Telefon +49 941 298480-28