Bioinformatische Dienstleistungen und Beratung

Spezielle Fragestellungen erfordern maßgeschneiderte Lösungen

Für die Bearbeitung komplexer biologischer Fragestellungen sind Standardverfahren meist nicht geeignet. Unser Ziel ist es daher, maßgeschneiderte bioinformatische Lösungen anzubieten, die eine umfassende und dennoch spezifische Antwort auf Ihre Frage liefern.

Wir bieten unseren Kunden Expertise in der bioinformatischen Analyse von Hochdurchsatzdaten aus Next-Generation-Sequencing- oder Microarray-Experimenten. Der Schwerpunkt der Bioinformatik-Gruppe am Fraunhofer ITEM in Regensburg liegt auf der Analyse von »omics«-Daten menschlicher Einzelzellen, doch werten wir problemlos auch andere Arten von Versuchen aus. Unser Know-how reicht von der einfachen Genexpression über komplexe Genomrekonstruktionsanalysen bis zur Entwicklung neuer Algorithmen und Programme.

Unser Angebot

Datenanalyse:
Umfassende und zuverlässige Kontrolle der Rohdatenqualität; Sequenzierung des gesamten Genoms/Exoms (WGS/WXS): Aufspüren von Sequenz-Polymorphismen (SNP, InDel, CNV), vergleichende Genomik, Untersuchung auf größere strukturelle Veränderungen (nur für WGS), De-novo-Rekonstruktion des Genoms (nur für WGS); RNA-Sequenzierung (RNA-Seq): Differentielle Expression (Gen und/oder Isoform), alternatives Splicing, Vorhersage von Isoformen und neuen Transkripten, Aufspüren von Sequenz-Polymorphismen (SNP), De-novo-Rekonstruktion des Transkriptoms, Aufspüren von Genfusionen; Microarrays: Differentielle Genexpression oder SNP-Array Analysen

Datenauswertung:
Funktionelle Genomik: Klassifizierung der Genexpression (z. B. Heatmaps, Clusteranalyse), Klassifizierung/Annotation von Sequenz-Polymorphismen; Systembiologie: Stoffwechselwege, Gene-Set-Enrichment-Analyse (GSEA), Identifizierung potenzieller therapeutischer Targets oder Biomarker; Data Mining: Suche nach und Vergleich mit bereits vorhandenen, relevanten veröffentlichten und unveröffentlichten Datensätzen

Beratung:
Unterstützung bei der Planung von »omics«-Sequenzierungsstudien, Entwicklung maßgeschneiderter Sequenzierungs-Panels oder Microarray-Chips, Unterstützung bei Publikationen und/oder Förderanträgen

Ihre Vorteile

Hochgradig anpassbare und transparente Analyseverfahren

Zugriff auf ein breites Spektrum von hochmodernen Methoden der Bioinformatik

Zugriff auf bioinformatisches Know-how zu Einzelzelldaten

Entwicklung neuer Algorithmen/Programme zur Bearbeitung spezieller Fragestellungen

Als außeruniversitäre Forschungseinrichtung sind wir Ihr Partner bei Förderanträgen zu öffentlich finanzierten Projekten

Fraunhofer-Institut für Toxikologie und Experimentelle Medizin