Fraunhofer-Institut für Toxikologie und Experimentelle MedizinWeb-Anwendung für die Analyse und den Vergleich von Genexpressionsdaten
Die Genexpressionsanalyse ist eine weit verbreitete Methode in Bereichen wie der Arzneimittelentwicklung oder der funktionellen Genanalyse. Microarray-Daten von Genexpressionsexperimenten stehen im Allgemeinen für retrospektive Analysen zur Verfügung und werden häufig genutzt. Aufgrund von Änderungen der zugrundeliegenden Technologien ist es jedoch häufig schwierig, die Datensätze verschiedener Technologien miteinander zu vergleichen, wodurch die Nutzung einer großen Menge bereits verfügbarer Daten erschwert wird.
Die Web-Anwendung »Genealyzer« abstrahiert von mathematischen und programmtechnischen Informationen, um eine komfortable und anpassbare Analyse von Microarray-Daten für groß angelegte Reproduzierbarkeitsstudien zu ermöglichen. Zudem bietet die Web-Anwendung eine einfache Zugangsfunktion zu großen Microarray-Repositorys.
Genealyzer setzt sich aus drei grundlegenden Schritten zusammen, die für differenzielle Genexpressionsanalysen, Gene Ontology (GO)-Anreicherungsanalysen und Vergleiche mehrerer Analyseergebnisse benötigt werden. Die Web-Anwendung kann sowohl Affymetrix-Daten als auch Einkanal- und Zweikanal-Daten von Agilent verarbeiten. Dabei werden alle Schritte mithilfe von aussagekräftigen Diagrammen visualisiert. Die Web-Anwendung bietet flexible Analysen und lässt sich gleichzeitig intuitiv bedienen.
