Entschlüsselung von Einzelzellen

Wir unterstützen Ihre Forschung an Kleinstproben

© Fraunhofer ITEM, Ralf Mohr

Wir beraten unsere Kunden bei der Ermittlung der geeignetsten Lösungen für wissenschaftliche und diagnostische Anwendungen und bioinformatische Analysen. Die optimale Einbindung von Hochdurchsatzverfahren und bioinformatischen Auswertungen garantiert maximalen Wissenstransfer auf allen Projektebenen.

Unser Ziel ist es, unsere Kunden bei der Entwicklung maßgeschneiderter Verfahren zur Analyse einzelner oder seltener Zellen zu unterstützen.

Wir bieten unseren Kunden Expertise in »Next-Generation-Sequencing«- (NGS) und Microarray-Verfahren, insbesondere auf der Ebene von Einzelzell-DNA und -RNA. Die von uns entwickelten Verfahren sind optimiert für die Untersuchung von klinischen Kleinst- oder Einzelzellproben wie aus Körperflüssigkeiten isolierten Krebszellen, Feinnadelaspirationsbiopsien und Gewebeproben. Dennoch sind alle Protokolle vollständig an die speziellen Anforderungen der jeweiligen Anwendung und Probe anpassbar. Unsere Verfahren beinhalten integrierte Qualitätskontroll-Assays, um eine optimale Probenauswahl, technische Umsetzung und bioinformatische Auswertung zu gewährleisten. Die fortlaufenden Aktualisierungen des Projektfortschritts beinhalten auch Daten zur Qualitätskontrolle der Proben, wesentliche Laborparameter und zugehörige Erläuterungen. Nach Abschluss des Projekts erhalten Sie einen detaillierten Projektbericht mit bioinformatischer Auswertung.

Unser Angebot

Strategien zur optimierten Probenaufbereitung für Einzelzellen und Subpopulationen:
Methoden zur Amplifikation des gesamten Genoms (WGA) und des gesamten Transkriptoms (WTA) einer Einzelzelle (Ampli1TM-WGA und -WTA, entwickelt vom Fraunhofer ITEM in Regensburg und der Universität Regensburg), hochwertige, mehrstufige Qualitätskontroll-Assays für WGA- und WTA-Proben zur Identifizierung qualitativ hochwertiger Proben, die sich für Hochdurchsatz-Analysen eignen (entwickelt vom Fraunhofer ITEM in Regensburg)

Hochdurchsatz-Molekularanalyse von Einzelzellen und Subpopulationen:
Entwicklung und Anwendung spezifischer molekularer Assays für die Einzelzellanalyse (Panel-Sequenzierung), weiterentwickelte Protokolle zur Sequenzierung des gesamten Exoms einer Einzelzelle, Sequenzierung des gesamten Genoms einer Einzelzelle, Isolierung reiner Tumorzellen aus in Formalin fixierten und in Paraffin eingebetteten (FFPE-) Proben und Sequenzierung des gesamten Exoms, Einzelzell-RNA-Sequenzierung

Bioinformatische Auswertung von Datensätzen von Einzelzellen:
Auswahl der bioinformatischen Auswertungsebene (Anwendungen auf DNA-Basis (Rohdaten, alignierte Reads, Identifizierung von Mutationen, Annotation), Anwendungen auf RNA-Basis (Rohdaten, alignierte Reads, Expressionswerte, Genontologie, Vorhersage von Isoformen)), detaillierter Bericht zur bioinformatischen Auswertung

 

 

 

Ihre Ansprechpartner

Christoph Andreas Klein

Contact Press / Media

Prof. Dr. Christoph Andreas Klein

Bereichsleiter Personalisierte Tumortherapie

Telefon +49 941 298480-21

Stefan Kirsch

Contact Press / Media

Dr. Stefan Kirsch

Arbeitsgruppenleiter Innovative molekulare Technologie und Biomarkeridentifizierung

Telefon +49 941 298480-26